3125列车从上海虹桥站开出，途经车站有：虹桥站、浦东国际机场站、浦东新区站、康桥站、花木路站、龙阳路站、金科路站、张江高科站、碧云站、场中路站、长清路站、滴水湖站、上海体育馆站、大连路站、曲阳路站、国权路站、五莲路站、徐盈路站、浦江镇站、联航路站、江月路站、东城一路站、江浦公园站、江湾镇站、大柏树站、殷高西路站、黄兴公园站、延吉中路站、黄兴路站、江川路站、宝山路站、上海火车站、中潭路站、长寿路站、长征路站、杨高南路站、汉中路站、新闸路站、人民广场站、黄陂南路站、江汉路站、菱湖西路站、彭浦新村站、共康路站、通河新村站、呼兰路站、共富新村站、宝安公路站、友谊西路站、富锦路站、宝山站、华亭站、顾村公园站、联航路站、罗南新村站、美兰湖站、南翔站、桃浦新村站、武威路站、祁连山路站、松江新城站、泗泾站、佘山站、洞泾站、松江大学城站、松江南站。最终终点站位松江南站。